在無土栽培中，基質栽培的一大優勢是能夠避免土壤重茬問題，提高作物的產量和品質。和土壤栽培相比，盡管初期投入成本較高，但基質能夠重復利用，處理起來也比土壤翻耕簡單，在長期使用中具有明顯的經濟效益和勞動效率優勢。
相比傳統土壤種植，無土栽培的初期投入較高，包括購買種植設施和基質。然而，在后續的種植過程中，這種模式能降低很多成本。傳統土壤種植在換茬時需要進行翻耕、消毒、施有機肥、起壟等多項工作，每畝地的成本通常達到一兩千元。無土栽培則無需重復這些步驟，后期更省錢，同時節省人工成本。
盡管無土栽培省去了重新裝填基質的麻煩，但直接種植在未處理的舊基質中容易引發死苗和根部病害。因此，基質的處理也是確保下茬蔬菜健康生長的關鍵步驟。
1.鹽分積累的處理，基質栽培中的一個常見問題是鹽分積累。不同于水培可以更換新的溶液，基質在多次使用后會逐漸積累鹽分，導致肥料濃度過高，進而傷害植物根系。為了解決這一問題，可在蔬菜拔秧后用大量清水沖洗基質。通過澆水，可以將基質中的鹽分通過排水口排出。澆水的程度需視流出的水中鹽分含量而定，直到水質接近普通水即可停止。這一過程不僅能降低鹽分積累，還能防止基質過于干燥，尤其在夏秋高溫季節，還助于延長種植袋的使用壽命。
2.殘留根系的處理，蔬菜拔秧后，種植袋中會殘留一些須根和大根。大根可以手動拔出，而須根則通過澆水慢慢腐爛。使用含有微生物菌的有機基質（如蚯蚓糞），里面帶的微生物菌能夠分解有機物質，促進根系的分解，降低對下茬作物的影響，同時還需要對基質進行消毒處理。
3.基質的補充，蔬菜拔秧時會帶走一些基質，特別是在基質未完全干燥時。澆水后，需檢查種植袋中基質的量，缺少的部分應及時補充新基質。處理完這些步驟后，即可進行新一輪的栽苗。